2022年3月2日，正式启动长江口二号古船考古与文物保护整体打捞阶段工作。11月21日凌晨0时40分，长江口二号古船成功整体打捞出水。11月25日，古船入坞落座、完成整体打捞工作后，将进入考古发掘、文物整体保护和博物馆建设规划的新阶段。

  11月21日凌晨，长江口横沙水域见证了中国水下考古新的历史性突破，22根巨型弧形梁组成的重约8800吨的沉箱装载着长江口二号古船，经过4个多小时的水下持续提升后，在打捞工程船“奋力轮”中部月池缓缓露出水面，古船桅杆率先破水而出，清晰可见，这是这艘清代同治年间的古船时隔150多年重新出现在世人眼前。

  11月25日下午1时30分，为长江口二号古船整体打捞运输设计建造的专用打捞工程船“奋力轮”装载着古船平稳进入上海船厂旧址1号船坞内，古船弧形梁沉箱落座至预先浇筑的马鞍座上，这标志着长江口二号古船考古与文物保护整体打捞阶段任务圆满完成。